Secara geografis desa panjunan terletak pada posisi 6°21'-6°31' Lintang Selatan dan 109°10'-110°40' Bujur timur. Topografi ketinggian desa ini adalah berupa daratan yang sedang yaitu sekitar 163 m di atas permukaan air laut.Berdasarkan data BPS kabupaten gresik tahun 2014,selama tahun 2014 Curah hujan didesa panjunan rata-rata mencapai 2.440 mm. Curah hujan ternbanyak terjadi di bulan Desember hingga mencapai 455,04 mm yang merupakan curah hujan tertinggi selama kurun waktu 2012-2014

Secara Administratif,Desa Panjunan Terletak di wilayah kecamatan duduksampeyan kabupaten gresik dengan posisi di batasi wilayah desa-desa tetangga

Di sebelah Utara berbatasan dengan desa tumapel duduksampeyan Gresik

Di sebelah barat berbatasan dengan desa kandangan duduksampeyan Gresik

Di sebelah Selatan berbatasan dengan desa sarirejo lamongan

Di sebelah Timur berbatasan dengan desa Tambak rejo Duduksampeyan Gresik